Teaching scientists to write better code: Software Carpentry, Amsterdam, May 2-3

classic Classic list List threaded Threaded
18 messages Options
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Teaching scientists to write better code: Software Carpentry, Amsterdam, May 2-3

Onno Broekmans
Dear all,

If you're interested in teaching Python, and/or interested in science,
do read on...!


========== Summary / TL;DR ==========

For the first time, Software Carpentry is coming to the Netherlands.
Supported by the Mozilla Foundation, they teach scientists to write
better code, which is very much needed...
On May 2-3, SC are teaching a Python-based workshop in Amsterdam, for
40 young scientists. If you're interested in helping out, either
during this particular workshop, or in general, we'd love to hear from
you!


========== Scientists & Spaghetti Code ==========

Scientists are becoming more and more dependent on custom-written
software for collecting and analyzing their data. How else are you
going to control the sheer complexity of a particle accelerator, DNA
sequencer or Hubble Space Telescope?
However, many researchers are entirely self-tought, which leads to a
lot of problems and spaghetti code. See [1] for some interesting
background stories...

An important part of the solution consists of teaching young
scientists core skills such as program construction, version control,
testing, command-line scripting and data management — something that's
not properly taught yet at universities.

[1] http://www.nature.com/news/2010/101013/full/467775a.html


========== About the Software Carpentry Workshop ==========

Software Carpentry helps researchers be more productive by teaching
them basic computing skills. They run Python-based boot camps at
dozens of sites around the world, and also provide open access
material online for self-paced instruction. The benefits are more
reliable results and higher productivity: a day a week is common, and
a ten-fold improvement isn't rare. SC is a volunteer organization,
supported by the Sloan Foundation and the Mozilla Foundation.

On Thu-Fri May 2-3, SC are giving their first workshop in Holland, at
VU University Amsterdam. If you're interested in Python education for
scientists, and helping us out, we'd love to hear from you! Ways you
could get involved are:

 - Join the workshop, and help participants by walking around and
answering questions. If you have experience with UNIX, the shell and
Python: we could use a few more people... (Joining for just a single
day is possible).

 - There will be informal drinks on Friday 3rd (tentative), on the VU
campus. This'd be a great opportunity to meet up, and talk to the
people from Software Carpentry about ways to contribute to the
project.

Please feel free to contact me (onnodb [AT] g/mail.com) with any
questions you might have, or for more information.

For more general information, please see:
http://www.software-carpentry.org
http://www.data2semantics.org/bootcamp

Thanks for your time!


Onno Broekmans
(PhD student in biophysics, VU University Amsterdam)
_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: Teaching scientists to write better code: Software Carpentry, Amsterdam, May 2-3

Mallory van Achterberg
Have you posted this on LinkedIn in the Python-nl group?
If not would you want a copy posted there?

gr,
Mallory

On Tue, Apr 23, 2013 at 10:29:38PM +0200, Onno Broekmans wrote:
> Dear all,
>
> If you're interested in teaching Python, and/or interested in science,
> do read on...!
>
_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

python voor kunst en wetenschap?

Floris van Manen
Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?

.Floris

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Ronald Oussoren

On 1 May, 2013, at 1:30, Floris van Manen <[hidden email]> wrote:

> Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
> bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?

Ik gebruik Python voor het maken van GUIs en proces automatisering.

Ronald

>
> .Floris
>
> _______________________________________________
> Python-nl mailing list
> [hidden email]
> http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Jan Murre-2
In reply to this post by Floris van Manen
Ik weet dat Stani leuke artistieke dingen met Python deed (http://pythonide.blogspot.nl/2008/10/how-to-make-money-with-free-software.html) en waarschijnlijk nog doet.

Groet,

Jan Murre



2013/5/1 Floris van Manen <[hidden email]>
Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?

.Floris

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl


_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Michiel Overtoom
In reply to this post by Floris van Manen

On May 1, 2013, at 01:30, Floris van Manen wrote:

> Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites

Op m'n werk gebruiken we Python ook voor allerlei import- en exportklussen, data-transformaties, gegevens bijelkaar zoeken, systeem/infrastructuur automatisering en documentgeneratie.  (Los van dat zijn onze websites ook geïmplementeerd met Python ;-)

Voor m'n persoonlijke projecten gebruik ik als het even kan óók Python, vanwege de fantastische datastructuren en 'batteries-included'.  Maar als ik een GUI applikatie voor het Windows platform wil schrijven, grijp ik nog altijd naar m'n C++ ontwikkelomgeving, dat heeft nog wat minder frictie dan PyQt.

Groets,

--
Test je kennis van bloemen! http://www.leer-de-bloemen.nl
of http://www.learn-the-flowers.com voor de Engelse versie.




_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Dirkjan Ochtman
In reply to this post by Floris van Manen
2013/5/1 Floris van Manen <[hidden email]>:
> Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
> bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?

Wij hebben een startup waarbij we een hedge fund opzetten, met een
volledig systematische trading-strategie die eigenlijk helemaal in
Python geimplementeerd is. Geen kunst, ook niet echt wetenschap, maar
ook niet alleen maar webdev!

Groet,

Dirkjan
_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Arjen van Elteren
In reply to this post by Floris van Manen
Beste Floris,

Jazeker! Python wordt heel veel gebruikt in de wetenschap (vooral met numpy en matplotlib, waarbij je een soort matlab achtige
omgeving krijgt)

Wij hebben de afgelopen jaren een geheel open source python project opgezet om astrofysische simulaties te kunnen doen.
Python is hierbij het hoofd-bestandsdeel (gebruikt om verschillende bestaande simulatie codes (in C of Fortran) te koppelen), zie
hier: http://www.amusecode.org.

Arjen


On 01/05/13 01:30, Floris van Manen wrote:

> Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
> bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?
>
> .Floris
>
> _______________________________________________
> Python-nl mailing list
> [hidden email]
> http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
>

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Peter A.J. Hilbers
Ook wij(TU/e BioMedische Technologie) gebruiken al jaren(>=15)  Python zowel in het onderwijs als in het onderzoek met name op bioinformatica en moleculaire modelleringsgebied.  Inderdaad worden pakketten als numpy, matplotlib, networkx graphviz, en biopython  veelvuldig gebruikt.

met vriendelijke groeten/best regards
 
Prof.dr. Peter A.J. Hilbers
dean Dept of Biomedical Engineering
GEM-Z 1.103
tel. 31 40 247 3787
TU Eindhoven
P.O.Box 513
5600 MB Eindhoven
the Netherlands
[hidden email]
http://w3.bmt.tue.nl/
On 05/01/2013 09:38 AM, Arjen van Elteren wrote:
Beste Floris,

Jazeker! Python wordt heel veel gebruikt in de wetenschap (vooral met numpy en matplotlib, waarbij je een soort matlab achtige
omgeving krijgt)

Wij hebben de afgelopen jaren een geheel open source python project opgezet om astrofysische simulaties te kunnen doen.
Python is hierbij het hoofd-bestandsdeel (gebruikt om verschillende bestaande simulatie codes (in C of Fortran) te koppelen), zie
hier: http://www.amusecode.org.

Arjen


On 01/05/13 01:30, Floris van Manen wrote:
Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites, 
bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?

.Floris

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl


_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Johan Otten
In reply to this post by Floris van Manen
Op het kunst gebied, de scener Paniq heeft dit ooit een tijd geleden gemaakt in C++ en Python met SVG:




2013/5/1 Floris van Manen <[hidden email]>
Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?

.Floris

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl


_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Onno Broekmans-2
In reply to this post by Floris van Manen
> Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
> bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?

In de wetenschappelijke wereld wordt Python vrij veel gebruikt, naast
pakketten als MATLAB en R. Belangrijke packages zijn dan o.a. NumPy,
SciPy, matplotlib en iPython --- plus nog veel meer, afhankelijk van
het vakgebied.

Toevallig is er morgen en overmorgen overigens ook een cursus
"programmeervaardigheden voor wetenschappers" in Amsterdam, die
gebaseerd is op Python:
www.software-carpentry.org
www.data2semantics.org/bootcamp

Mocht je hier meer over willen weten, dan help ik je graag verder!

Met vriendelijke groeten,


Onno


2013/5/1 Floris van Manen <[hidden email]>:
> Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
> bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?
>
> .Floris
>
> _______________________________________________
> Python-nl mailing list
> [hidden email]
> http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Govert Buijs-2
In reply to this post by Johan Otten
Kunst : Blender gebruikt Python


Op 1 mei 2013 12:53 schreef Johan Otten <[hidden email]> het volgende:
Op het kunst gebied, de scener Paniq heeft dit ooit een tijd geleden gemaakt in C++ en Python met SVG:




2013/5/1 Floris van Manen <[hidden email]>
Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?

.Floris

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl


_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl



_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Floris van Manen
De vraag was of er hier op het forum mensen zijn die python voor iets anders dan voor websites gebruiken :-)
Ik weet wel dat er verschillende (en steeds meer) apps en handige pakketten zijn die python gebruiken, maar wie zijn de gebruikers hier binnen het forum...
.F


On 1 May 2013, at 15:41, Govert Buijs wrote:

> Kunst : Blender gebruikt Python
>

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Hilbers, P.A.J.
Persoonlijk gebruik ik Python ook. Bijvoorbeeld hebben we een interface voor een moleculaire dynamica Simulatie programma(Pumma) in Python ontwikkeld.



Op 1 mei 2013 om 18:41 heeft "Floris van Manen" <[hidden email]> het volgende geschreven:

> De vraag was of er hier op het forum mensen zijn die python voor iets anders dan voor websites gebruiken :-)
> Ik weet wel dat er verschillende (en steeds meer) apps en handige pakketten zijn die python gebruiken, maar wie zijn de gebruikers hier binnen het forum...
> .F
>
>
> On 1 May 2013, at 15:41, Govert Buijs wrote:
>
>> Kunst : Blender gebruikt Python
>>
>
> _______________________________________________
> Python-nl mailing list
> [hidden email]
> http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Reinoud van Leeuwen
In reply to this post by Floris van Manen

On 1 mei 2013, at 18:32, Floris van Manen <[hidden email]> wrote:

> De vraag was of er hier op het forum mensen zijn die python voor iets anders dan voor websites gebruiken :-)

Allerlei grotere en kleinere beheerscripts... (voor voornamelijk webservers ";-)

Reinoud

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Jasper Spaans-5
In reply to this post by Floris van Manen
On 05/01/2013 01:30 AM, Floris van Manen wrote:
> Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
> bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?
Jazeker, wij (Fox-IT) gebruiken Python onder meer om (in real time)
mogelijke fraude te herkennen in internetbankierverkeer.

Daarnaast ook om de wereld veiliger te maken, maar dat is een beetje
geheim :-)

Groet,
Jasper

--
 /\____/\   ir. Jasper Spaans // Lead Developer DetACT
 \   (_)/   Fox-IT - For a more secure society!
  \    X    T: +31-15-2847999      
   \  / \   M: +31-6-41588725
    \/      KvK Haaglanden 27301624

_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Guido Kollerie-2
In reply to this post by Floris van Manen
2013/5/1 Floris van Manen <[hidden email]>:

> Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites,
> bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?

Sure, data analyse mbv Pandas

    http://pandas.pydata.org

--
Guido
_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: python voor kunst en wetenschap?

Goeie Jongens
In reply to this post by Floris van Manen
http://worldsoilprofiles.org/ is een Django-gebaseerde webapplicatie bovenop de bodemprofielen-database van ISRIC (gevestigd op de campus van de Universiteit Wageningen).

Oftewel: waarom zou een website niet wetenschappelijk zijn? :-)

Vincent

On 1 May, 2013, at 1:30, Floris van Manen [hidden email] wrote:
Zijn er mensen op dit forum die python voor iets anders gebruiken dan het bouwen van websites, 
bijvoorbeeld voor kunst en / of wetenschap?

.Floris


_______________________________________________
Python-nl mailing list
[hidden email]
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-nl